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Isolement, identification et caractérisation des Bacillus spp. de sol d’oasis tunisien et leurs potentialités d’utilisation en lutte biologique

/ El Arbi Amel / Université Lille1 - Sciences et Technologies, Université de Sfax (Tunisie) / 16-12-2016
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Ce travail de thèse a pour objectif la recherche et le criblage de bactéries capables de jouer un rôle important dans la lutte biologique contre les champignons phytopathogènes. L'isolement des bactéries a été réalisé à partir de sols rhizosphériques de palmier dattier. 5 souches parmi les 28 isolées présentent un pouvoir antagoniste et ont été identifiées comme membres du genre Bacillus. La présence des gènes de biosynthèse de lipopeptides a été détectée par PCR, la production des lipopeptides a été confirmée par spectrométrie de masse Maldi-TOF. Ces isolats se caractérisent aussi par leur tolérance aux stress abiotiques (salinité, température élevée et stress hydrique). La souche Bacillus sp III1 qui a montré la production de trois familles de lipopeptides (surfactine, fengycine et iturine) et qui possède le plus fort pouvoir antifongique a fait l’objet d’une évaluation de son potentiel de biocontrôle de la septoriose, principale maladie du blé. L’effet inhibiteur du filtrat de culture de la souche III1 sur la croissance et la germination de Zymoseptoria tritici, agent causal de la maladie du blé, a été démontré in vitro et in planta. Le filtrat de culture pur et dilué à 25 et 50 % réduit jusqu’à 95% les symptômes de la maladie. Ensuite, l’iturine produite par Bacillus spp. III1 a été identifiée comme étant de la mojavensine. Les conditions environnementales optimales de production de la mojavensine (pH, température et aération) ont été déterminées en utilisant la méthode des plans d’expériences. Finalement, une optimisation des conditions environnementales de la pumilacidine, lipopeptide produit par Bacillus pumilus I2 a été réalisée.

Modélisation analogique de la distribution et du style de déformation dans des chaînes d’avant-pays à niveaux de décollement multiples (évaporitiques et frictionnels) : interactions cinématiques et structurales

/ Borderie Sandra / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 16-12-2016
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Le style et la distribution de la déformation dans les chaînes d’avant-pays peuvent varier le long de la chaîne et entre l’avant- et l’arrière-pays en raison de facteurs tels que l’héritage tectonique, la stratigraphie du bassin ou l’intensité des processus de surface. Dans cette thèse, nous avons dans un premier temps étudié la dynamique structurale d’une chaîne se propageant vers un domaine sédimentaire présentant des séquences lithologiques contrastées. Nous avons notamment analysé l’évolution tectonique de deux séries de modèles analogiques où un niveau de décollement visqueux de largeur variable a été introduit en position de décollement basal ou interstratifié. Dans les deux cas, les résultats mettent en évidence des interactions structurales et cinématiques entre les provinces pourvues et dépourvues du niveau de décollement visqueux. Ces interactions concernent notamment la séquence de propagation de la déformation et le style structural de la chaine, tant en surface qu’en profondeur. Ces résultats sont comparés à des exemples naturels tels que les chaînes de Kuqa (Chine) ou les Salt Range (Pakistan). Nous avons dans un second temps étudié l’impact des processus de surface sur le partitionnement amont-aval de la déformation au travers de l’exemple du chevauchement de Chazuta dans le bassin de Huallaga (Pérou). Les résultats expérimentaux indiquent que le déplacement exceptionnel accommodé par ce chevauchement et la forte épaisseur d’évaporites allochtone qu’il transporte dépendent de 1) une sédimentation syntectonique en biseau, 2) la présence d’un synclinal à l’arrière du chevauchement poussant les évaporites vers l’avant et 3) l’érosion du front de déformation.

Renouveler la ville, reproduire la nature : une socio-anthropologie des processus décisionnels et des relations à la nature au sein d’un projet urbain durable

/ Dos Santos Antonio / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 15-12-2016
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Relativement à l’essor d’un urbanisme, tantôt qualifié de durable, tantôt d’écologique par la littérature scientifique, cette thèse interroge les évolutions du rapport à la nature en contexte urbain à travers les pratiques et les représentations sociales des acteurs d’un projet d’aménagement. La recherche menée entre 2011 et 2015 cible le programme de reconversion d’une friche industrielle urbaine en écoquartier, situé sur le versant nord-est de la métropole lilloise, à partir d’une enquête qualitative mobilisant observations ethnographiques, entretiens semi-directifs et analyse de la littérature afférente (grise, législative et réglementaire). Le projet urbain, considéré ici comme un instrument de l’action publique, constitue un analyseur privilégié de l’évolution des politiques de la nature en milieu urbain. Le questionnement guidant cette recherche est le suivant : quelles formes de natures sont produites dans un projet urbain qualifié de durable par ses initiateurs, selon quelles modalités décisionnelles et de gouvernance effectives, et sur la base de quel paradigme socio-culturel ? L’analyse est conduite à l’aide d’une double perspective théorique, croisant socio-anthropologie de l’environnement et de l’action publique, et faisant plus spécifiquement dialoguer anthropologie de la nature et analyse cognitive des politiques publiques. Nous démontrons que malgré la persistance d’une conception utilitariste de l’environnement, les évolutions actuelles de l’urbanisme, entendu dans un sens large, préfigurent une mutation de la place accordée de la nature dans la ville. De façon plus générale s’esquisse ainsi une dissolution progressive de la césure ville-nature.

Correlation between lipopeptide biosynthesis and their precursor metabolism in Bacillus subtilis

/ Dhali Debarum / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 15-12-2016
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Dans ces travaux des approches de génie génétique et métabolique ont été mises en œuvre pour augmenter la fourniture des précurseurs nécessaire à la biosynthèse d’un lipopeptide produit par Bacillus subtilis. Un réseau métabolique du métabolisme des acides aminés chez B. subtilis a d'abord été formalisé et modélisé par des outils bioinformatique. Puis, grâce à l’utilisation de la programmation par contrainte et à l’interprétation abstraite des interruptions de gènes ont été prédites dans ce réseau. Les prédictions se sont basées sur des gènes qui sont directement ou indirectement impliqués dans la régulation des gènes responsables de la biosynthèse de certains acides aminés ou dans le métabolisme central du carbone. Une stratégie de suppression de gènes sans l’utilisation de marqueur antibiotique (technique du Pop-in Pop-out) a été entreprise pour mener à bien ces multiples délétions dans une même souche et en évitant ainsi une limitation par les antibiotiques. Les résultats obtenus suite à la délétion de ces gènes ont montrés un impact différent sur la production du lipopeptide tant d’un point de vue quantitatif que qualitatif. Ce travail a établi que la limitation de la biosynthèse du lipopeptide par la fourniture en précurseur peut être surmontée en utilisant cette approche intégrée.

Towards full sputtering deposition process for CIGS solar cell fabrication: from single thin film deposition up to device characterization

/ Ayachi Boubakeur / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 15-12-2016
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De nos jours, et après plus de quatre décennies de recherche et développement de la technologie CIS, une concurrence directe avec la technologie silicium est toujours loin d'être gagnée; néanmoins, il existe certains marchés de niche où la technologie silicium ne peut pas être utilisée ou est moins appropriée. Les procédés de fabrication actuels présentent certains inconvénients: (i) certain(e)s matériaux et/ou techniques utilisé(e)s ont une forte empreinte environnementale, (ii) certains matériaux alternatifs développés sont coûteux, (iii) certaines techniques utilisées ne sont pas facilement industrialisables ou basées sur l'utilisation d'atmosphères toxiques. Ce travail de thèse présente une stratégie de transition vers un processus basé exclusivement sur l’utilisation à la fois de la pulvérisation cathodique et de matériaux respectueux de l'environnement. Dans ce cadre, nous avons utilisé la pulvérisation cathodique pour déposer le contact arrière en molybdène. Nous avons développé un nouveau procédé de dépôt de la couche absorbante basé sur l’utilisation de la pulvérisation, à température ambiante et à partir d'une seule cible quaternaire sans apport supplémentaire de sélénium. Nous avons également développé des procédés de pulvérisation à température ambiante pour déposer la couche tampon (ZnSxO1-x) et la couche fenêtre (i-ZnO/AZO). Plusieurs techniques de caractérisation (XRD, SEM, FIB-SEM, EDX, Raman, SIMS, Effet Hall, GDOES, UV-Vis, et IV) ont été utilisées pour étudier l'effet des conditions de dépôt sur les propriétés des couches minces ainsi que pour caractériser les cellules solaires finales dont le meilleur résultat obtenu sur l'efficacité est proche de 12%.

Sélection de groupes de variables corrélées en grande dimension

/ Grimonprez Quentin / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 14-12-2016
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Le contexte de cette thèse est la sélection de variables en grande dimension à l'aide de procédures de régression régularisée en présence de redondance entre variables explicatives. Parmi les variables candidates, on suppose que seul un petit nombre est réellement pertinent pour expliquer la réponse. Dans ce cadre de grande dimension, les approches classiques de type Lasso voient leurs performances se dégrader lorsque la redondance croît, puisqu'elles ne tiennent pas compte de cette dernière. Regrouper au préalable ces variables peut pallier ce défaut, mais nécessite usuellement la calibration de paramètres supplémentaires. L'approche proposée combine regroupement et sélection de variables dans un souci d'interprétabilité et d'amélioration des performances. D'abord une Classification Ascendante Hiérarchique (CAH) fournit à chaque niveau une partition des variables en groupes. Puis le Group-lasso est utilisé à partir de l'ensemble des groupes de variables des différents niveaux de la CAH à paramètre de régularisation fixé. Choisir ce dernier fournit alors une liste de groupe candidats issus potentiellement de différents niveaux. Le choix final des groupes est obtenu via une procédure de tests multiples. La procédure proposée exploite la structure hiérarchique de la CAH et des pondérations dans le Group-lasso. Cela permet de réduire considérablement la complexité algorithmique induite par la flexibilité.

Mesure de la dynamique des polluants gazeux en air intérieur : évaluation des performances de systèmes multi-capteurs

/ Caron Alexandre / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 14-12-2016
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La qualité de l’air intérieur constitue de nos jours un enjeu sanitaire majeur ainsi qu’une problématique de recherche en plein essor. De nombreux polluants sont présents à l’intérieur des bâtiments. Ils sont directement émis par des sources intérieures telles que les matériaux de constructions, le mobilier, l’activité des occupants ou proviennent de l’air extérieur. La politique de réduction de la consommation énergétique entraîne la construction de bâtiments de plus en plus hermétiques, réduisant ainsi l’élimination des polluants par transfert vers l’extérieur. Les techniques d’analyses classiques ne sont pas adaptées à la surveillance continue de ces environnements. Il s’agit généralement d’analyseurs encombrants, coûteux, bruyants et qui nécessitent du personnel qualifié. Une alternative à ces méthodes est récemment apparue sous la forme de capteurs miniatures. Dans ce travail de thèse, les performances et limitations de plusieurs capteurs miniatures, tels que des capteurs à infrarouge, électrochimiques, à photoionisation ou semi-conducteurs pour la mesure du CO2, du CO, des NOx, d’O3 et des COV, ont été évaluées en laboratoire et lors de campagnes de mesures pour le suivi des principaux polluants de l’air intérieur. Bien que la réponse de ces capteurs soit fortement corrélée avec la concentration mesurée par des analyseurs de référence, le manque de sélectivité ne permet pas toujours une analyse quantitative. L’apprentissage bayésien naïf ainsi que le clustering par bisecting k-means ont permis d’interpréter les signaux mesurés par les capteurs et de mettre en évidence des événements typiques de pollution, traduisant la dynamique de la qualité de l’air intérieur.

La journée de travail : organisation, valorisation et inégalités sociales

/ Barrois Amandine / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 14-12-2016
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L’objet de la thèse est de comprendre comment se structure la journée de travail et comment l’organisation quotidienne du temps de travail révèle de profondes inégalités sociales entre les travailleurs, notamment entre les hommes et les femmes. Les travaux qui se sont penchés sur le temps de travail ces dernières décennies ont généralement privilégié le cadre hebdomadaire comme angle d’analyse. Ces travaux ont également pu s’intéresser à certaines périodes spécifiques, comme le travail de nuit ou du dimanche. Alors que la tendance est à apprécier le temps de travail par rapport à un cadre de référence toujours plus large, la journée apparaît être un cadre plus fin et plus original pour évaluer les effets de la diversification des temps de travail. L'analyse des horaires de travail quotidiens permet d’appréhender les difficultés perçues par les individus, notamment en matière d’articulation des temps. Des investigations quantitatives menées à partir de l’enquête Conditions de Travail (DARES) et la construction d’outils statistiques variés permettent de décrire et d’analyser la journée de travail, mais également de faire apparaître les enjeux sociaux se nouant autour de celle-ci. Cette dernière est au cœur des inégalités entre les travailleurs (hommes et femmes ; parents et non-parents ; PCS). Sont questionnés les enjeux de la présence au travail, de la capacité des salariés à maîtriser leur temps et à se rendre disponible sur certains horaires ; ainsi que les enjeux de la valorisation du temps, de la capacité à faire rémunérer le temps passé à la disposition de l’employeur et à faire reconnaître la pénibilité des horaires qui s’écartent de la norme.

Caractérisation et optimisation d’assemblages d’éléments de murs végétalisés par méthodes acoustique et vibratoire

/ Attal Emmanuel / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 14-12-2016
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L'implantation de parois végétalisées dans les zones urbaines est encouragée par les pouvoirs publics car elle contribue à l'amélioration de la qualité de l'air, favorise la biodiversité et atténue les effets d'îlot de chaleur urbain. L'apport acoustique de ces parois végétalisées est mis en évidence par des études récentes. Les phénomènes physiques à l’origine de leur propriétés acoustiques restent cependant insuffisamment compris et font l'objet de ce travail de thèse. Dans ce but, un dispositif expérimental original couplant mesures acoustiques via un tube à impédance et mesures vibratoires à l'aide d’un vibromètre laser à balayage est développé pour caractériser simultanément les propriétés acoustiques et vibratoires des feuillages et substrats qui composent ces parois dans la gamme 100 Hz-1000 Hz. Ce dispositif caractérise les coefficients acoustiques (absorption, réflexion, transmission...), les propriétés physiques effectives (célérité, impédance caractéristique...) et la réponse vibratoire d'échantillons de feuillages (fusain et laurier) et de substrats (perlite, fibre de coco, tourbe de coco). Les résultats obtenus mettent en évidence les propriétés acoustiques de chaque milieu et soulignent le lien étroit entre résonances vibratoires et propriétés acoustiques des parois. Enfin, l'étude acoustique d'échantillons superposant les couches de feuillage et de substrat montre une augmentation du coefficient d'absorption due aux résonances en épaisseur de la paroi et à l'adaptation d'impédance entre l'air et le substrat apportée par la couche de feuillage. Une stratégie d'optimisation de l'absorption acoustique dans une bande de fréquence donnée est également proposée.

Étude de la régulation d’expression et des activités des héparanes 3-O-sulfotransférases 2, 3A et 3B dans les macrophages

/ Delos Maxime / Université Lille1 - Sciences et Technologies / 13-12-2016
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Les héparanes sulfates (HS) sont des polysaccharides sulfatés qui participent à de nombreux processus physiopathologiques. L’entrée du virus HSV-1 dans ses cellules cibles nécessite l’intervention de la glycoprotéine gD, qui peut interagir avec quatre récepteurs différents: HVEM (Herpes Virus Entry Mediator), les nectines-1 et -2, et des HS 3-O-sulfatés. De plus, la protéine gD est impliquée dans la protection des cellules cibles contre l’apoptose. Nos travaux ont montré que les réponses anti-apoptotiques induites par la gD nécessitent la coopération entre HVEM et les HS 3-O-sulfatés. Chez l’Homme, sept 3-O-sulfotransférases (3-OSTs) sont impliquées dans la réaction de 3-O-sulfatation, qui se distinguent par des différences d’expression et de spécificité de substrat. Selon l'environnement inflammatoire, les macrophages subissent deux types de polarisation, caractérisés par des phénotypes et des fonctions distinctes. Les travaux du Laboratoire ont montré que la 3-OST3B est fortement induite dans les macrophages pro-inflammatoires, à l’inverse de la 3-OST2. Nous avons alors montré que l’expression de la 3-OST3B est régulée de manière transcriptionnelle et post-transcriptionnelle. En revanche, la diminution de la 3-OST2 fait intervenir des mécanismes différents, dont l’action d’un microARN. La dernière partie de la thèse a porté sur la localisation subcellulaire des 3-OSTs. Nos résultats montrent que la 3-OST3B est localisée dans le Golgi, alors que la 3-OST2 et la 3-OST3A sont retrouvées jusqu’à la membrane plasmique. Dans leur ensemble, nos résultats suggèrent une fonction spécifique pour chaque 3-OST dans la génération de motifs HS 3-O-sulfatés distincts.

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