Émergence et contrôle des épidémies dans les populations humaines
(Emergence and control of outbreaks in human populations)

Thèse soumise à l'embargo de l'auteur jusqu'au 18/03/2020 (communication intranet).
URL d'accès : http://ori-nuxeo.univ-lille1.fr/nuxeo/site/esupver...

Auteur(s):  Voinson, Marina
Date de soutenance : 13/12/2018
Éditeur(s) : Université Lille1 - Sciences et Technologies 

Langue : Français, Anglais
Directeur(s) de thèse :  Billiard, Sylvain ; Alvergne, Alexandra ; Smadi, Charline
Laboratoire : Evolution, Ecologie, Paléontologie (EVO-ECO-PALEO)
Ecole doctorale : École doctorale Sciences de la matière, du rayonnement et de l'environnement (Villeneuve d'Ascq)

Classification : Sciences de la vie, biologie, biochimie
Discipline : Biologie de l'environnement, des populations, écologie
Mots-clés : Hôtes intermédiaires
Maladies infectieuses émergentes
Écologie humaine
Vaccination -- Prise de décision
Comportement humain
Relations hôte-virus
Processus stochastiques

Résumé : Les maladies infectieuses émergentes ont façonné l'histoire de l'espèce humaine. Encore aujourd'hui, l'émergence de nouveaux pathogènes menace la santé publique. Deux axes principaux ont été abordés : la dynamique épidémique des maladies infectieuses émergentes (MIEs) dans les populations humaines et l'impact du comportement humain sur le contrôle des infections. La dynamique épidémique des MIEs est peu connue car elle reste souvent étudiée sans prendre en compte l'effet de leurs caractéristiques, à savoir leur maintien dans un réservoir et leur capacité à émerger chez plusieurs espèces animales. Nous avons modélisé la dynamique des MIEs et mis en évidence que la transmission via réservoir et les populations intermédiaires est aussi importante que la transmission inter humaine pour comprendre les nombreuses et imprévisibles épidémies que l'on peut observer. Par la suite, l'impact du comportement humain sur le contrôle des infections a été étudié en considérant deux aspects, la prise de décision de vaccination et les pratiques culturelles. La considération de biais cognitifs liés à la prise de décision de vaccination et l'interaction entre le comportement et l'épidémiologie peut aboutir aux fluctuations de la couverture vaccinale observées empiriquement. Enfin, l'étude des pratiques culturelles a montré que, bien que souvent considérées comme à l'origine de la propagation de pathogènes dans la population, certaines pratiques peuvent en limiter la transmission. L'ensemble de ces résultats suggère que la prise en compte de l'écologie permet de faire de meilleures prédictions sur l'influence de l'environnement sur l'émergence et la réémergence des maladies infectieuses.


Résumé (anglais) : Infectious diseases have shaped the history of the human species. Nowadays, the emergence of new pathogens threatens public health. Understanding the interaction between pathogen ecology and human behaviour can help understanding the dynamics observed in human populations. In this thesis, two main axes were studied: the epidemic dynamics of emerging infectious diseases (EID's) in human populations and the impact of human behaviour on the control of infectious diseases. The epidemic dynamics of emerging pathogens is poorly understood because it is often studied without taking into account the effect of their characteristics, namely their persistence in a reservoir population and their ability to emerge in a broad range of species. For the first time, we modeled the dynamics of EID's and highlighted that transmission from both the reservoir and intermediate populations are critically important to consider in order to understand the many and unpredictable outbreaks that can be observed. Thereafter, the impact of human behaviour on infectious diseases control was studied by considering two aspects, vaccination decision-making and cultural practices. We show that consideration of cognitive biases related to vaccination decision-making and the interaction between behaviour and epidemiology can lead to the fluctuations observed in vaccination coverage. Finally, the study of cultural practices has shown that, although often assumed to favour the spread of pathogens in a population, certain practices can limit disease transmission. The results taken together suggest that an ecological approach is key for predicting the dynamics underpinning the emergence and re-emergence of infectious diseases and adapt control strategies.


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